中国（上海）自贸区供应链研究院于2013年成立，2015年获批“自贸试验区供应链研究上海市社会科学创新研究基地”，2017年入选首批中国智库索引（CTTI）来源智库，2018年入选中国高校百强智库，2019年入选交通运输新型智库联盟、中联部“一带一路”智库合作联盟。研究院重点支持上海市高峰学科“物流工程与管理”和上海市高水平学科“管理科学与工程”建设，并承担了学科的主要建设任务，在人才培养、学术研究、人才队伍建设、科研平台建设、社会服务、资政建议、国际合作等方面都取得了良好的成绩，形成了一流的人才队伍、一流的研究平台、一流的研究成果和一流的国内外影响力，是高水平学科“管理科学与工程”、高峰学科“物流工程与管理”建设的核心载体。