中国（上海）自贸区供应链研究院大力推进产学研合作，与同济大学、上海组合港管理委员会办公室、上海市交通运输行业协会、能源基金会、辽宁港口股份有限公司、天津港（集团）有限公司、上海铁路集装箱中心站发展有限公司、中国质量认证中心华东实验室等高校、政府部门、行业协会及企业建立了合作关系，共同开展科学研究和创新项目。